Nacionalización y Ley Avellaneda

Con la Revolución de Mayo de 1810, nuevas autoridades tomaron a su cargo la Universidad de Córdoba. El Deán Gregorio Funes continuó a cargo del rectorado.

En 1820 se vivía un estado de desorganización y de disolución nacional. El General Juan Bautista Bustos, gobernador de la provincia de Córdoba, colocó a la Universidad y al Colegio de Monserrat –donde se cursaban los estudios preparatorios– en la órbita provincial.

A mediados del siglo XIX, con la sanción de la Constitución Nacional, se sentaron las bases de la organización política de la República Argentina. Para esa época, el país contaba con dos universidades provinciales, la de Córdoba y la de Buenos Aires, fundada en 1821. La primera se nacionalizó en 1856, la segunda en 1881. De este modo, ambas quedaron bajo la dependencia y dirección del Gobierno Nacional.

Apertura a la ciencia

Con la segunda mitad del siglo comenzó también una nueva etapa docente. La Universidad se dio una Constitución Provisoria y se aprobaron reformas a los planes de estudio. Entre 1860 y 1880, en consonancia con el pulso del mundo, se produjeron numerosas reformas académicas  en la Universidad Nacional de Córdoba.

En 1857, la Universidad comprendía los Estudios Preparatorios y las Facultades de Teología y Derecho. En 1864 se suprimieron los estudios teológicos.

A lo largo de la década del 70, los cambios llegaron a modificar la estructura misma de la Universidad. Bajo la presidencia de Sarmiento, la ciencia cobró particular impulso mediante la incorporación de profesores extranjeros especializados en ciencias naturales y exactas. En 1873 abrió sus puertas la Facultad de Ciencias Físico-Matemáticas, posteriormente llamada Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales.

En la misma época nacía, en el seno de la Universidad, la Academia de Ciencias Exactas y el Observatorio Astronómico. En 1877, se fundaba la Facultad de Medicina.

La Facultad de Ciencias Físico-Matemáticas y la Academia de Ciencias Exactas constituían una sola institución. El rector Lucero, en la Memoria de 1874, sostiene que "la Facultad y la Academia pueden existir expeditamente, pero la primera debe integrar la Universidad y la segunda debe estar fuera de ella: una y otra marcharían así sin dificultad y llenarían su destino respondiendo a los elevados propósitos de su creación".

Ley Avellaneda

En respuesta al sostenido crecimiento que experimentaron las universidades entre 1870 y 1880, se promulgó la Ley Avellaneda a mediados de 1885.

Esta primera Ley Universitaria fijó las bases a las que debían ajustarse los estatutos de las universidades nacionales; se refería fundamentalmente a la organización de su régimen administrativo, y dejaba los otros aspectos liberados a su propio accionar.

En 1886 se modificaron los estatutos de la Universidad para adaptarlo a las prescripciones de la Ley Avellaneda.

A comienzos del siglo XX, la Universidad extendía múltiples influencias, pero fue a partir de 1918 cuando su carácter rector adquirió una fuerza inusitada. En estrecha vinculación con los acontecimientos que vivía el país y el mundo, en junio de 1918 la juventud universitaria de Córdoba inició un movimiento al que rápidamente adhirieron voces de todo el continente en lucha por una genuina democratización de la enseñanza. El movimiento se llamó Reforma Universitaria.