En el marco de la definición de los lineamientos de acción para el período 2013|2016, se realizó un proceso colectivo y participativo a través del cual las Direcciones Generales y áreas dependientes del Secretario elaboraron sus respectivas agendas de gobierno.

• Dirección General de Contabilidad y Finanzas
• Dirección General de Contrataciones
• Dirección General de Presupuesto
• Dirección General de Personal
• Dirección General de Tecnologías Informáticas 
• Área de Recursos Humanos
• Centro de Información y Comunicación Institucional (CICI)